Info **UNet 3+: A Full-Scale Connected UNet for Medical Image Segmentation** *Huimin Huang, Lanfen Lin, Ruofeng Tong, Hongjie Hu, Qiaowei Zhang, Yutaro Iwamoto, Xianhua Han, Yen-Wei Chen, Jian Wu* [[paper](https://arxiv.org/abs/2004.08790)] ICASSP(IEEE) 2020 - U-Net++와 마찬가지로, U-Net3+ 모델은 Skip connection의 개선을 목표로 두고 설계된 모델이다. 본문에서 저자는 U-Net의 skip connection과 U-Net++의 Skip Pathways (skip connectio..

Info **UNet++: A Nested U-Net Architecture for Medical Image Segmentation** *Zongwei Zhou, Md Mahfuzur Rahman Siddiquee, Nima Tajbakhsh, Jianming Liang* [[paper](https://arxiv.org/abs/1807.10165)] DLMIA 2018 - * 본 논문에 이미 pytorch 구현의 GitHub link를 제공하고 있음. 실제 운용 면에서 더 섬세하게 구현을 해놓으셨기 때문에 이해가 아닌 적용을 목적에 둔 경우 이 글보단 원본 깃허브를 참조하면서 공부하는게 더 낫겠다 싶다. U-Net ++의 핵심은 encoder와 decoder를 연결해주는 skip connection에서 ..

info **Attention U-Net: Learning Where to Look for the Pancreas** *Ozan Oktay, et al.* [[paper](https://arxiv.org/abs/1804.03999)] MIDL 2018 - Attention U-Net 파이토치 구현입니다. 논문을 보고 작성하는데 Gating Signal $g$ 에서 막혀서 시간이 좀 걸렸네요. Attention U-Net Encoder, Decoder, 그리고 AttentionGate (softmax, addtive attention)을 구현했습니다. *Deep supervision은 본문 연구에서 encoder output을 포함하여 stage_outputs들을 모두 segementation map si..

info. **V-Net: Fully Convolutional Neural Networks for Volumetric Medical Image Segmentation** *Fausto Milletari, Nassir Navab, Seyed-Ahmad Ahmadi* [[paper](https://arxiv.org/abs/1606.04797)] 3DV 2016 V-Net 논문 읽고 구현을 해본 파이토치 버전 코드입니다.Encoder (compression path), Decoder (decompression path), 그리고 dice loss를 구현했습니다. 논문 본문에 있는 모델 설명을 참조했습니다. V-Net 장점 요약 3D 의료 이미지의 효과적인 Segmentation: V-Net 네트워크 아키텍쳐는..

Info **U-Net: Convolutional Networks for Biomedical Image Segmentation** *Olaf Ronneberger, Philipp Fischer, Thomas Brox* [[arXiv]]: https://arxiv.org/abs/1505.04597 MICCAI 2015 - 원래 U-Net에서는 Convolution 연산을 수행할 때 패딩을 넣지 않아서 이미지의 크기가 점진적으로 줄어들지만, 현 시점의 구현에서는 입력 이미지의 크기를 줄일 필요가 없습니다. (오히려 잠재적으로 여러방면에서 손해) 하지만 해당 본문에서는 실제 U-Net 모델을 그대로 재현했습니다. U-Net 특징 매개변수의 효율적인 사용: U-Net 아키텍처는 건너뛰기 연결을 사용하여 인코더와..

새로운 연구실에서는 서버 단에 key를 직접 두는 것이 아닌, gitlab에 위치시키고 control plane처럼 컨트롤 해주신다. 맥북도 새로 샀고, 새로 받은 데스크탑(윈도우)도 있으니 두가지 버전 다 기록해볼까 한다. Windows OS 1. cmd (명령 프롬프트, 혹은 본인이 쓰는 커널) 연다. 2. 터미널에 아래의 명령어를 입력한다. ssh-keygen 생성하는 위치를 concrete path를 주어 생성할게 아니라면 Enter *: 에는 그냥 공란으로 엔터를 쳐 넘어간다. 3. 생성확인 내 컴퓨터 > 로컬 디스크 > 사용자 (혹은 user) > [사용자이름] > .ssh --- 의 경로로 이동하면 id_rsa 파일이 존재한다. 이 파일을 서버의 .ssh에 복사하고 local machine의..

pytorch가 열심히 스스로 버전을 업데이트 하는데, 미리 생성해놓은 *.bat 파일은 cuda 버전은 변하면 안되서 고정해도 되지만 pytorch 버전은 그럴 이유가 없는데 설치할 때 잘도 최신이 되서 찾아봄 문법 $( ) .. 끝 사용하고 싶은 명령어를 안쪽에 넣으면 nested cmd가 완성됨 pip install --no-index torch-scatter -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-1.9.0+cu102.html 그래서 위와 같이 pytorch 버전을 일일이 잡아줘야했던 이 cmd를 pip install --no-index torch-spline-conv -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-$(python..

서버 control plane에서 작업할 때 접속은 자유롭게 해도 그 서버에 무슨 장비가 달려있는지 기억이 잘 안날때가 많은데 이거를 control plane에다가 미리 작성해 놓으면 편할거 같아서 표기를 바꾸려고 정보를 얻는 김에 작성 1. GPU 장비 이름 nvidia-smi 명령어가 가능한 경우 (= 엔비디아 드라이버가 이미 설치가 되어 있음) nvidia-smi --query | fgrep "Product Name" # 전 nv로 alias 등록해놔서 아래로 씁니다 nv --query | fgrep "Product Name" cf. 불가능하고 리눅스 명령어가 되는 경우 lspci | grep -i VGA 2. CPU 장비 이름 cat /proc/cpuinfo | grep 'model name' |..

VsCode를 열고 cmd + shift + P Preferences: Open Keyboard Shortcuts (JSON) 선택 아래 copy & paste // Place your key bindings in this file to override the defaultsauto[] [ { "key": "ctrl+;", "command": "terminal.focus", "when": "editorFocus" }, { "key": "ctrl+;", "command": "workbench.action.focusActiveEditorGroup", "when": "terminalFocus" } ] *ctrl : control key *cmd : command key

사실 작년 봄부터 가을 끝까지 자바만 쓰다가 최근에 인공지능 배우면서 자바는 거의 손절(?) 수준으로 등한시했었는데 이번학기 시작하면서 OODP 에서 자바를 .. 쓰신다고 하셔서 JDK도 깔고 Eclipse를 다시 설치한다. 올 초에 포맷을 해서 남아있는게 없다.. 으어 1. 이클립스 홈페이지 접속 www.eclipse.org/downloads/packages/ 보통 다양한 Frame Work나 서버를 활용하는 것이라면 Eclipse IDE for JAVE EE developers를 설치한다. 그 밖에는 대부분이 Java Developers 를 다운 받는데, 맨 상단의 통합 installer를 이용하거나 아래의 직접 다운 받으면 된다. 물론 다운로드도 운영체제에 맞게 선택한 뒤 하면 된다. 상단 우측에 ..